Darwin propuso en 1859 su explicación de la evolución mediante la selección natural: se producen cambios hereditarios que proporcionan ventajas en la lucha por la vida, de modo que, a largo plazo, se imponen los organismos poseedores de esos cambios. Pero Darwin nada sabía sobre esos cambios. La genética fundada por Mendel y desarrollada a partir de 1900 permitió comprenderlos: se trata de las mutaciones genéticas. Hacia los años 1930, se formuló la teoría sintética de la evolución (frecuentemente denominada neo-darwinismo), que explica la evolución mediante la combinación de mutaciones y selección natural. Muchos evolucionistas aceptan que el neo-darwinismo explica lo esencial de la evolución, y que no hay que buscar más.
"En 1950 la aceptación de la teoría de Darwin de la evolución por selección natural ya era universal entre los biólogos, la teoría sintética era aceptada como correcta, y las controversias se limitaban a cuestiones de detalle"
En la evolución siguen existiendo misterios notables, que se refieren sobre todo al origen de los nuevos órganos y organismos. Los neo-darwinistas suelen hablar como si esos misterios ya estuvieran explicados, en lo esencial, mediante la selección natural. "Es precisamente como consecuencia de la selección natural por lo que los seres vivos son organismos, es decir, están bien organizados, constan de partes muy integradas entre sí y que pueden llevar a cabo las funciones apropiadas para el estilo de vida del organismo". La selección natural es un "proceso organizador y creativo": al igual que la selección artificial que practican los agricultores y ganaderos para mejorar las plantas y los animales, la selección natural explicaría la producción de nuevos órganos y organismos, sin que exista ningún plan, porque los cambios genéticos que se dan espontáneamente en los vivientes proporcionan, en algunos casos, ventajas hereditarias que se acumulan en la línea de una adaptación mejor a las condiciones de la vida.
